Е.А. Ахметов работал заместителем директора по научной, организационно-экономической работе РГКП “Национальный научный центр хирургии им. А.Н.Сызганова” Министерства здравоохранения РК, руководителем Центра ядерной медицины и лучевой диагностики (ПЭТ, МРТ, КТ) АО “Республиканский диагностический центр” Национального Медицинского Холдинга, г.Астана, проректором по научной и клинической работе Медицинского Университета Астана. Имеет большой опыт практической работы по специальности «лучевая диагностика». Является Лауреатом Государственной премии “Дарын” Правительства РК в номинации “Наука” (2002 г.); Стипендиат Государственной научной стипендии для талантливых молодых ученых Национальной Академии Наук РК (2002-2003 гг.), Отличник здравоохранения РК. Автор 155 научных  работ, 2 монографий, 4 авторских свидетельств на изобретение.